うちではこの現象に見舞われたことがないので、JFSの仕様と決めつけるのはどうかと思いますよ。

一度 JFS でフォーマットしたら HPFS なんかに戻れないよ＞ブートボリューム

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素晴らしきかなOS/2 *** TeamOS/2 Japan ***

自分の環境での問題と対応も大体掴めて来たので、楽しくなってきてはいるのですが、Warp4からのアップグレード版で、私の場合12,307円かかりましたので、これだけ出す価値があるかは何とも言えませんね。
しかも、インストールするつもりだったThinkPad E440じゃインストールフェイズにも行けないというｗ
もし、SNAPが使える古い機種（でも、そこそこの性能の）をお持ちなら日本語プレビュー版でも十分楽しめるとは思いますけどね。

お疲れさまでした。
config.sysがなくなるのはJFSのジャーナル機能の仕様で中途半端なファイルを破棄するのが原因でしょうか？
なんか今どきっぽく自動修正ができるようにしようとして自爆しているようにも見えなくはないです。

私はまだeCSは検討中。弱いです。

再度起動させたら一応起動するのを確認。
一度はメンテナンスデスクトップから起動できたので、config.sysを書き換えて起動に成功しました。
config.sysの読み込み途中で止まって、電源を切って強制終了すると、インストールDVDからハードディスク上の全ドライブが見られなくなって、上記メッセージを吐くみたいです。
ただ、今度はネットワークドライバを入れ替えて、ちゃんとファイルとプリンタの共有を設定しなかったら、メンテナンスデスクトップすら起動しなくなり、最終的に別ドライブにeCS2.1英語版をインストールして、日本語プレビュー版のconfig.sysの行をコメントアウトして起動させることに成功しました。
config.sysの読み込みで止まるとキーボードが使えなくなるってバグ（って言って良いですよね？）のせいでお騒がせしました。
しかし、デスクトップアーカイブでの復元やコマンド行表示が使えなくなるとかOS/2じゃ想像もしなかったトラブルでした・・・

eComStationでインストール直後やドライバを代えたりした後、config.sysのロードで失敗するとEnterを押してスキップするって画面でキーボードが使えず電源オフで終了するって事が何度かあるのですが、その後、インストールDVDから起動して、テキストエディターでconfig.sysを開こうとするとファイルが全く無く、コマンド窓からdirを叩くと「sys0318: メッセージ・ファイル oso001.msgが見つかりません 」と表示されます。
この場合に何か解決方法がありますでしょうか？
JFSレスキューとかいう体験版ソフトでは、ファイルが残っているのが見られるのですが、レジストしないと他の機能は使えないみたいですし、これが解決するかもまだ未確認。
てか、SNAPドライバを試そうとACPIを削除したら、勝手にcom.sysの行が有効になって上記パターンとか色々酷い・・・